Windows Server 2012R2にSharePoint 2013 Foundationをインストールしようとすると、.NET Framework 4.5がインストール済みにもかかわらず、.NET Framework 4.5がインストールされていない旨のメッセージが表示され、インストールを継続できない。これはWindows Updateで適用された.NET Framework 4.6等より新しいバージョンの.NET Frameworkがインストールされている場合に、正常に環境を認識できないためにおこる。
この現象はSharePointに限らず、.NET Framework 4.5を使用するソフトウェアのインストールで広く発生するらしい。
解決のためには「コントロールパネル→プログラムと機能→インストールされた更新プログラム」から、NET Framewrok 4.6に相当するKB3045563、4.5.2に相当するKB2901907、4.5.1に相当するKB2859818をアンインストールする。
アンインストールした後にSharePoint 2013 Foundationのインストールを行い、その後にあらためてWindows Updateの適用を行い.NET Framework 4.6のインストールを行えばよい。
参考：
SharePoint 2013 Setup error if the .NET Framework 4.6 is installed
.NET Framework 4.6 がインストールされた環境でWindows SDK for Windows 7 and .NET Framework 4 の Visual C++ Compilers がインストールできない