Ubuntu 16.04LTSのapt-get updateに異常に時間がかかるので調べてみると、どうもIPv6周りの挙動に問題があるらしい。
apt-get -o Acquire::ForceIPv4=true update
上記のようにコマンドラインオプションを指定すると、強制的にIPv4を使用して接続させることが出来る。
私もこれで問題が解決した。
だがしかし、私は忘れっぽい性格なので、毎度コマンドライのプションを指定するというのは頂けない。
その場合は「/etc/apt/apt.conf.d/99force-ipv4」と言うファイルを新規に作成し、ファイルに下記の内容を記載する。
Acquire::ForceIPv4 "true";
これで都度オプションを指定せずとも、毎回IPv4を使用して動作するようになる。