Visual Studio 2015でNuGetパッケージの管理からSystem.Data.SQLiteを選択してインストールした場合、インストール自体はエラーを出さずに正常終了するが、実際にはインストールできていない。Visual Studio 2015のサーバーエクスプローラー等のデータベースマネージャに関する仕様が公開されなかったため、System.Data.SQLiteのVisual Studio 2015対応が遅れたことが事が原因。
Visual Studio 2013で作成したプロジェクトでSQLiteを参照設定している場合、System.Core等も含む、参照設定しているコンポーネント全てで「参照コンポーネント～が見つかりませんでした。」というエラーが表示される。
System.Data.SQLite Downloadsからsqlite-netFx46-setup-bundle-x86-2015-1.0.98.0.exeをダウンロードしてインストールすれば使用できるようになる。
Visual Studio 2013で作成したプロジェクトでSQLiteを参照設定している場合は、NuGetパッケージの管理からSQLite関連のNuGetパッケージをアンインストールしてから、sqlite-netFx46-setup-bundle-x86-2015-1.0.98.0.exeでインストールしたSQLite関連DLLを参照するように設定すればよい。