クラウドでもオンプレミスでも、仮想OSは物理PCに比較してディスクIOのパフォーマンスが低く、この部分がボトルネックとなりやすいです。そのために頻繁なディスクIOが発生する用途ではパフォーマンスが得られにくいという欠点があります。 クラウド上の仮想マシンでのパフォーマンス改善には、仮想ディスクへのIO負荷を如何に減らすかが、最初に検討すべき重要な要素になります。
仮想PCマシン割り当てられる揮発性ストレージ（EC2では インスタンスストア）を活用できないか検討することをお勧めします。揮発性のため仮想PCが停止した場合はデータが失われますが、専用に割り当てられており、物理PCと遜色ない速度でアクセスすることが出来ます。起動後に必要なフォルダやファイルを作成したり、シャットダウン前や低周期でファイルを退避したり、一手間必要になりますが効果も大きいです。